Некоторые причины, по которым происходит излишнее удержание НДФЛ:

• Ошибки бухгалтера, когда организация при выплате дохода удерживает больше налога, чем требовалось. 12
• Неверное применение стандартных вычетов, например, на детей. 14
• Ошибочное отнесение выплаты (например, подарка или материальной помощи в пределах 4 тыс. рублей) к облагаемым НДФЛ. 1
• Перерасчёт обязательств в связи с различными жизненными ситуациями (отзыв из отпуска, болезнь во время отпуска, несвоевременное сообщение о больничном и т. п.). 1
• Поступление в течение года от ИФНС документа, подтверждающего право работника на имущественный или социальный налоговый вычет. 1
• Применение ставки, отличной от установленной (например, 15% вместо 13%). 2
• Некорректный расчёт среднедневного заработка при оформлении больничных выплат — они оказались выше, поэтому НДФЛ насчитали больше. 2
• Технические неполадки, из-за которых зависла программа и возникли другие проблемы. 3

Согласно статье 231 Налогового кодекса РФ, излишне удержанный НДФЛ должен быть возвращён налоговым агентом. 14 Срок возврата — 3 года со дня уплаты налога. 4