Раздельный учёт операций с НДС необходим, потому что по необлагаемым операциям фирмы не могут поставить «входной» НДС к вычету (вместо этого сумма налога учитывается в расходах при расчёте налога на прибыль), а по облагаемым — могут. 1

При отсутствии раздельного учёта суммы «входного» НДС нельзя отнести ни к вычетам по облагаемым НДС операциям, ни учесть в расходах при расчёте налога на прибыль по операциям необлагаемым. 1

Кроме того, при проверке налоговая восстановит весь входной НДС по товарам, используемым в двух типах операций, и тогда появится недоимка по НДС, на которую будут начислены пени и штрафы. 4

Таким образом, раздельный учёт позволяет определить, какую часть входного налога можно принять к вычету, а какую — учесть в стоимости приобретённых товаров (работ, услуг) либо в расходах. 1