Несколько причин, по которым некоторые банки могут не принимать 100-рублёвые купюры:

• Проблемы с обновлением софта банкоматов иностранного производства. 2 Это связано с уходом из России крупных поставщиков оборудования. 2
• Переполнение кассет приёмников сторублёвых купюр. 1 Чтобы банкомат функционировал нормально в течение дня, в нём могут отключать функцию приёма сторублёвых купюр. 1

Например, в некоторых банкоматах «Тинькофф банка» 100-рублёвые купюры не принимаются в устройствах, где есть операции с валютой. 1

Для решения проблемы можно, например, обратиться в кассу банка, где можно снять или внести на карту нужные купюры. 3