Гидроэнергетический потенциал малых рек редко используется полностью по нескольким причинам:

• Неизбежные потери воды. 2 Они возникают из-за испарения, фильтрации, забора воды на хозяйственные нужды и других факторов. 2
• Изменения напоров. 2 Реализовать весь потенциал невозможно из-за изменений напоров, которые происходят в подводящих каналах, напорных трубопроводах и других местах. 4
• Механические потери. 4 Они возникают при превращении гидравлической энергии в электрическую. 4
• Сезонность. 4 Из-за незначительной величины стока большая часть малых рек либо перемерзает в зимний период, либо пересыхает летом. 4
• Сложности с изучением режима малых рек. 1 Это связано с недостаточной освещённостью данными гидрологических наблюдений и отсутствием современных методов оценки стока неизученных малых рек. 1
• Отсутствие единой методики. 4 Нет единой методики поиска экономичных технических решений по малым ГЭС. 4

Кроме того, на развитие малой гидроэнергетики влияют такие факторы, как отсутствие стратегии развития отрасли, административно-хозяйственные проблемы на федеральном и региональном уровнях, отсутствие нормативной базы для проектирования и создания оборудования. 3