Целинная программа оказалась экономически невыгодной в долгосрочной перспективе по нескольким причинам:

• Спешность реализации. 1 Освоение целины превратилось в кампанию, где процветали авралы и штурмовщина. 12 Не были разработаны щадящие способы обработки почв и адаптированные к типу климата сорта зерновых. 1
• Недостаточное финансирование. 4 Не хватало средств на развитие социальной и производственной инфраструктуры в области целинных земель. 4 Отсутствие улучшений в условиях труда и быта привело к массовому оттоку «целинников». 4
• Недостаток ресурсов. 4 Не хватало техники, зерновых складов и иной инфраструктуры, значительная часть распаханных территорий не засеивалась. 4
• Игнорирование почвозащитных технологий. 4 Отказ от паров и травосеяния и переход к бессменной пшеничной монокультуре при дефиците минеральных удобрений привели к распространению сорняков и почвенной эрозии. 4
• Зависимость урожаев от природных условий. 2 Целинные урожаи сильно зависели от природных условий и были крайне низкими в засушливые годы. 2

В результате на рубеже 1950–1960-х годов производство зерна начало снижаться. 4 Заготовки хлеба не покрывали затраты, качество целинного зерна было низким, что ограничивало его использование в экспорте, государственных резервах и семенных фондах. 4