Межрегиональные инспекции Федеральной налоговой службы организуются по принципу единоначалия. 24 Общее руководство и контроль за деятельностью инспекции осуществляет её начальник, который назначается и освобождается от должности руководителем ФНС России. 24

В полномочия начальника межрайонной инспекции входят:

• организация и реализация на принципах единоначалия руководства и контрольных мероприятий в отношении функционирования инспекции; 1
• распределение обязанностей между заместителями начальника; 1
• представление для утверждения в региональное управление организационной структуры инспекции; 1
• утверждение штатного расписания, положений о структурных подразделениях инспекции, должностных регламентов государственных гражданских служащих и должностных инструкций её работников; 2
• издание приказов, распоряжений и дача указаний по вопросам деятельности инспекции, обязательные для исполнения всеми государственными гражданскими служащими и работниками инспекции; 2
• назначение на должность и освобождение от должности служащих и сотрудников инспекции. 1

Также начальник межрайонной инспекции несёт персональную ответственность за выполнение возложенных на инспекцию задач и функций. 2