Механизм возврата НДС функционирует следующим образом: 1

1. Подача заявления в налоговый орган. 1 Заявление должно быть подкреплено доказательной базой: счетами-фактурами, платёжными документами и другими необходимыми бумагами. 1
2. Камеральная проверка. 3 Налоговый орган проводит проверку, которая может занять до трёх месяцев. 1 Для неё у налогоплательщика запрашивается объёмный пакет документов. 3
3. Успешное прохождение проверки. 1 Если она пройдена успешно, средства либо зачисляются в счёт будущих налогов, либо переводятся на указанный счёт предприятия. 1

Право на возврат НДС сохраняется за плательщиком в течение трёх лет после окончания квартала, в котором было превышение суммы налоговых вычетов над суммой уплаченного НДС. 2 Если этот трёхлетний период прошёл, его можно восстановить только через суд, предоставив уважительные причины, оправдывающие пропуск срока. 2

Если у налогоплательщика есть недоимка по НДС или другим федеральным налогам, то налоговики сначала проведут зачёт, а вернут только остаток суммы НДС за вычетом закрытой недоимки. 4