Да, жилищный сертификат можно учесть в качестве расходов при продаже квартиры. 13

Налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых НДФЛ доходов на сумму фактически произведённых и документально подтверждённых расходов, связанных с приобретением квартиры, в том числе произведённых за счёт жилищного сертификата. 13