Да, при поэтапной оплате можно уплатить НДС по окончании выполнения работ. 1

Согласно пункту 13 статьи 167 НК РФ, если длительность производственного цикла работ составляет свыше шести месяцев и они включены в специальный перечень, то налогоплательщик вправе определять момент определения налоговой базы как день отгрузки (передачи) работ. 14

При этом компания сама решает, какой порядок исчисления НДС выбрать — общий или особый, и должна закрепить свой выбор в учётной политике. 4

Также, если договором предусмотрена поэтапная сдача работ, то НДС необходимо начислить по факту сдачи работ каждого этапа (на основании подписанного акта). 2

Для получения более точной информации о конкретной ситуации рекомендуется обратиться к налоговому консультанту.