Да, некоммерческая организация может применять упрощённую систему налогообложения (УСН). 13

Для этого необходимо соответствовать условиям, указанным в статье 346.12 Налогового кодекса РФ: 1

• средняя численность работников организации не превышает 100 человек; 1
• остаточная стоимость основных средств, которые есть на балансе организации (деньги на счетах и ценные бумаги сюда не относятся), не превышает 150 млн рублей; 1
• доходы (не считая целевого финансирования и целевых поступлений) не превышают 112,5 млн рублей за 9 месяцев года, в котором организация подаёт уведомление о переходе на УСН (впоследствии 200 млн рублей за год). 1

Особенность применения некоммерческой организацией УСН заключается в том, что при определении порога доходов, ограничивающего применение данного режима налогообложения (60 млн руб.), доходы от целевого финансирования не учитываются. 3