Может ли налоговая приостановить полномочия единоличного исполнительного органа?

Нет, налоговая не может приостановить полномочия единоличного исполнительного органа, так как это относится к компетенции совета директоров акционерного общества (АО). yandex.ru base.garant.ru

Согласно абз. третьему п. 4 ст. 69 Федерального закона от 26.12.1995 №208-ФЗ «Об акционерных обществах», решение о приостановлении полномочий директора АО может быть принято советом директоров при одновременном наличии двух условий: если образование исполнительных органов АО осуществляется общим собранием акционеров и если уставом АО предусмотрено право совета директоров принимать соответствующее решение. base.garant.ru

При этом АО обязано в течение 3 дней сообщить о приостановлении полномочий директора в налоговый орган путём подачи соответствующего заявления. base.garant.ru

Также за нарушение закона суд может дисквалифицировать руководителя компании на основании протокола госоргана, например налоговой или трудовой инспекции. journal.tinkoff.ru