Некоторые особенности управления автономными учреждениями:

• Многоуровневая система управления. 3 В неё входят руководитель, наблюдательный совет, общие собрания, учёные или художественные советы и другие внутренние органы, которые предусмотрены федеральным законодательством и предусмотрены уставом организации. 3
• Имущество принадлежит не самому учреждению, а учредителю. 2 Движимое имущество и недвижимость (исключение — земля) принадлежат учреждению на праве оперативного управления. 2
• Автономное учреждение не может распоряжаться некоторым имуществом. 5 К нему относятся недвижимое имущество, закреплённое за учреждением учредителем, и особо ценное имущество. 5
• Автономное учреждение не вправе отказываться от выполнения государственного или муниципального задания. 1 Содержание задания определяется видами деятельности учреждения. 1
• Автономные учреждения обязаны ежегодно отчитываться о результатах деятельности в средствах массовой информации. 1 Также они ведут бухгалтерский учёт, составляют и представляют бухгалтерскую и статистическую отчётность. 1
• Сделки с заинтересованностью обязательно одобряет наблюдательный совет. 2 Если автономная организация проведёт крупную сделку без одобрения совета, её смогут признать недействительной в суде. 2
• Автономные учреждения могут оказывать широкий набор платных услуг. 3 Для этого необходимо прописать желаемые виды работ в учредительной документации и привести эти нормы в соответствие с целями создания учреждения. 3