Некоторые основные недостатки использования коэффициента Джини в экономических исследованиях:

• Отсутствие учёта структуры доходов. 5 Коэффициент Джини оценивает неравенство только по денежным доходам, в то время как некоторым работникам заработную плату выдают в виде продуктов питания или опционов на покупку акций компании-работодателя. 23
• Не учёт источника дохода. 23 Для определённой географической единицы (страны, региона и т. п.) коэффициент Джини может быть довольно низким, но при этом какая-то часть населения свой доход обеспечивает за счёт труда, а другая — за счёт собственности. 23
• Уклон в сторону занижения неравенства для стран с небольшой численностью населения и для менее диверсифицированных экономик. 1 В обоих случаях коэффициент Джини, как правило, занижен и поэтому преуменьшает истинную степень неравенства. 1
• Влияние теневого сектора. 1 Наличие большого теневого сектора и неспособность оценить получаемые от него доходы могут существенно влиять на точность показателей Джини. 1
• Различия в методах сбора статистических данных для вычисления коэффициента Джини приводят к затруднениям (или даже невозможности) в сопоставлении полученных коэффициентов. 23