Основные направления деятельности Межгосударственного банка:

• Расчётные и другие банковские услуги в национальных валютах стран СНГ и ЕАЭС. 2 Банк является прямым участником платёжных систем центральных банков Республики Армения, Республики Беларусь, Республики Казахстан, Кыргызской Республики, Российской Федерации и Республики Таджикистан. 2
• Развитие системы управления рисками и организации внутреннего контроля, направленной на обеспечение надёжности финансового института и защиту информации о клиентах. 2
• Координация обмена информацией по наиболее актуальным экономическим и финансовым вопросам в качестве Секретариата Евразийского совета центральных (национальных) банков (ЕСБ). 2
• Кредитование внешнеторговых операций стран СНГ в национальных валютах. 4
• Участие в реализации проектов, имеющих межгосударственное значение. 4