Структура Министерства промышленности, энергетики и инноваций Республики Башкортостан включает следующие отделы: 1

• отдел инвестиционной деятельности; 1
• отдел развития энергетической инфраструктуры; 1
• отдел электроэнергетики; 1
• отдел машиностроения и оборонных производств; 1
• отдел металлургии и неметаллических производств; 1
• отдел топливно-энергетического комплекса; 1
• отдел инфраструктурного развития и инноваций; 1
• отдел развития лесопромышленного комплекса и лёгкой промышленности; 1
• отдел сводно-аналитической работы; 1
• отдел административно-технического обеспечения и лицензирования; 1
• отдел мобилизационной подготовки; 1
• отдел организационно-правовой работы; 1
• финансово-экономический отдел. 1

Руководитель министерства — Шельдяев Александр Николаевич. 15