Роль правительства в управлении свободной экономической зоной заключается в том, что оно назначает уполномоченный федеральный орган исполнительной власти, который выполняет следующие функции: 12

• обеспечивает взаимодействие управляющей компании с органами государственной власти и координирует их деятельность; 2
• утверждает примерную форму договора об условиях деятельности в свободной экономической зоне, форму свидетельства о включении в единый реестр индивидуального предпринимателя или юридического лица, типовую форму инвестиционной декларации; 2
• определяет порядок ведения единого реестра; 2
• ежегодно оценивает эффективность функционирования свободной экономической зоны и представляет в Правительство Российской Федерации ежегодный отчёт о результатах её функционирования; 2
• осуществляет иные полномочия в соответствии с законодательством. 2

Также правительство определяет разрешённые на территории свободной экономической зоны виды предпринимательской деятельности. 5