Токтогульское водохранилище имеет важное значение для экономики Кыргызстана по нескольким причинам:

• Обеспечение электроэнергией. 24 Токтогульская ГЭС, расположенная на водохранилище, является основным источником электрической энергии в стране. 2 Она даёт около 40% вырабатываемой в Кыргызстане электроэнергии, часть электричества идёт на экспорт. 3
• Ирригационное значение. 3 Водохранилище позволяет дополнительно оросить около полумиллиона гектаров засушливых земель. 3
• Выравнивание колебаний стока. 3 Выравнивая колебания стока, Токтогульское водохранилище способствует увеличению выработки нижележащих ГЭС на Нарыне и Сырдарье за счёт минимизации холостых сбросов воды. 3
• Регулирование водных ресурсов. 1 Водохранилище позволяет накапливать воду в многоводные годы и расходовать её в маловодные. 3