Река Индигирка имеет следующее значение в экономике Якутии:

• Транспортная магистраль. 24 По реке осуществляются грузоперевозки между посёлками, она служит единственной транспортной артерией в регионе. 2
• Зона хозяйственной деятельности. 2 В бассейне Индигирки ведётся рыболовство, оленеводство, сбор мамонтовой кости и добыча золота. 23
• Гидроэнергетический потенциал. 1 Бассейн реки обладает значительными запасами гидроэнергии, которые могут сыграть важную роль в комплексном использовании водных ресурсов. 1

Кроме того, промышленность района в основном ориентирована на добычу полезных ископаемых, в частности золота, серебра, олова и сурьмы. 1