Система налогообложения ЕСХН оказывает следующее влияние на аграрные предприятия:

• Облегчает налоговую нагрузку на небольшие и средние предприятия, замещая ряд налогов на один (ЕСХН). 1
• Позволяет снизить трудоёмкость и затраты на ведение бухгалтерского учёта и формирование отчётности, так как есть освобождение от уплаты НДС. 1
• Даёт возможность перенести убытки, полученные в предыдущем налоговом периоде, на уменьшение налогооблагаемой базы по ЕСХН, что снижает мотивацию предприятий формировать убыточную отчётность. 1
• Позволяет единовременно списывать основные средства, приобретённые во время применения ЕСХН, с момента их ввода в эксплуатацию. 1
• Реже возникает отвлечение из оборота денежных средств, используемых на плату авансовых платежей и налогов. 1

Однако у системы ЕСХН есть и недостатки, например:

• Вновь создаваемые сельскохозяйственные товаропроизводители в течение первого года своей деятельности лишены возможности использовать режим уплаты ЕСХН, хотя именно в этот начальный период им более всего требуется поддержка. 4
• Крупные аграрные формирования со средней численностью работников более 300 человек не могут воспользоваться преимуществами ЕСХН для того, чтобы укрепить свои позиции и ещё больше нарастить масштабы сельскохозяйственной деятельности. 4