Счётная палата контролирует использование бюджетных средств следующим образом:

• Проводит оперативный контроль за исполнением федерального бюджета. 1 Палата контролирует полноту и своевременность денежных поступлений, фактическое расходование бюджетных ассигнований в сравнении с законодательно утверждёнными показателями. 1
• Проводит комплексные ревизии и тематические проверки по отдельным разделам и статьям федерального бюджета, бюджетов федеральных внебюджетных фондов. 1 В ходе проверок на основе документального подтверждения законности производственно-хозяйственной деятельности, достоверности бухгалтерского учёта и финансовой отчётности определяется своевременность и полнота взаимных платежей проверяемого объекта и федерального бюджета. 1
• Проводит экспертизу проектов федерального бюджета, законов и иных нормативных правовых актов, международных договоров Российской Федерации, федеральных программ и иных документов, затрагивающих вопросы федерального бюджета и финансов Российской Федерации. 1
• Анализирует и исследует нарушения и отклонения в бюджетном процессе. 1 На основе этих данных палата готовит и вносит в Совет Федерации и Государственную Думу предложения по их устранению, а также по совершенствованию бюджетного законодательства в целом. 1
• Ежеквартально представляет Федеральному Собранию Российской Федерации оперативный отчёт о ходе исполнения федерального бюджета, в котором приводятся фактические данные о формировании доходов и произведённых расходах в сравнении с утверждёнными показателями за истекший период. 1

Если при проверке выявлены нарушения, которые наносят ущерб государству, или происходит препятствование проверкам, счётная палата даёт администрации проверяемой организации обязательные для исполнения предписания. 3