По информации на апрель 2024 года, высшим уровнем структурного подразделения «Газпром нефти» стали департаменты, как и в головной компании «Газпром». 34

Ранее в компании действовали два ключевых блока и несколько вспомогательных: 45

1. Ключевые блоки: 45

• Первый — разведка и добыча. 45
• Второй — логистика, переработка и сбыт. 45

1. Вспомогательные блоки: 45

• выполняли в основном функцию служб — управление финансами, имуществом, юридические вопросы, безопасность и прочее. 45

В структуру «Газпром нефти» входят, например, такие дочерние компании и предприятия: 1

• «Газпромнефть–Ямал», «Газпромнефть-Ноябрьскнефтегаз», «Газпромнефть-Хантос», «Газпром нефть шельф», «Газпромнефть НТЦ», «Газпромнефть-Энергосервис». 1
• АО «Газпромнефть — Омский НПЗ» — крупнейший нефтеперерабатывающий завод компании. 12
• АО «Газпромнефть-Московский НПЗ» и ОАО «Славнефть-Ярославнефтеоргсинтез» (через контроль 50% в «Славнефти»). 12
• ООО «Газпромнефть Марин Бункер» — осуществляет реализацию судового топлива и судовых масел для морского и речного транспорта. 12
• АО «Газпромнефть-Аэро» — занимается мелкооптовой и розничной реализацией авиатоплива, оказывает услуги по обеспечению воздушных судов авиационными горюче-смазочными материалами. 12