При работе с филиалами в разных регионах существуют следующие способы учёта НДС:

1. Уплата налога по месту нахождения головной организации. 13 Декларация по НДС сдаётся в налоговую инспекцию по месту учёта организации. 1 Вся сумма налога поступает в федеральный бюджет, поэтому сдавать декларации по местонахождению обособленных подразделений не нужно. 1
2. Распределение входного НДС по счетам-фактурам филиала. 2 Раздельный учёт НДС осуществляется в целом по всей организации, независимо от наличия или отсутствия филиалов в ней. 2 При этом выручка филиала учитывается при расчёте долей облагаемых и необлагаемых операций. 1
3. Указание КПП филиала в счетах-фактурах. 34 Филиалы в процессе работы выставляют счета-фактуры от имени головной компании, в них нужно указывать КПП филиала, а не головной организации. 3

Если филиал находится за рубежом и реализует продукцию фирмы на территории иностранного государства, а не на территории России, то суммы «входного» налога, относящегося к деятельности филиала, к вычету не принимаются. 1 Они включаются в стоимость приобретённых товаров (работ, услуг). 1

Для получения более подробной консультации по вопросам учёта НДС при работе с филиалами в разных регионах рекомендуется обратиться к специалисту.