Преимущества расчёта пеней по налогам:

• Начисление пеней на общую недоимку. 1 Раньше по разным налогам и взносам могли возникать переплаты и недоимки, которые не перекрывали друг друга. 1 Теперь все платежи попадают на один счёт, и возможные переплаты могут нивелировать недоимки. 1
• Автоматический расчёт. 3 Обычно это делает информационная система ФНС. 3
• Возможность пересчёта пеней. 5 Если размер совокупной налоговой обязанности на едином налоговом счёте (ЕНС) изменится, например, после сдачи уточнённой декларации, сумму пеней скорректируют. 5

Недостатки расчёта пеней по налогам:

• Усложнённый контроль за правильностью начисления. 5 Налоговики начисляют пени на общее отрицательное сальдо на ЕНС, а не по конкретным налогам и взносам. 5
• Повышенная ставка для организаций. 45 С 2025 года для организаций вводится повышенная ставка — 1/150 ставки Банка России в день с 31 по 90 день наличия отрицательного сальдо на ЕНС. 4

Выбор преимуществ и недостатков зависит от конкретной ситуации и обстоятельств.