Преимущества автономных учреждений по сравнению с другими типами государственных организаций:

• Финансово-хозяйственная самостоятельность. 1 Учреждение самостоятельно распределяет и использует полученную из бюджета субсидию (субвенцию) на выполнение задания учредителя, несёт ответственность за своевременное и полное исполнение задания. 1
• Самостоятельное распоряжение доходами. 1 Учреждение самостоятельно распоряжается доходами, полученными от оказания платных услуг или исполнения работ по договорам помимо исполнения задания учредителя. 1
• Возможность открывать счета в кредитных организациях. 1 Расходование средств автономным учреждением не контролируется органами Казначейства Российской Федерации. 1
• Необязанность расходовать бюджетные средства через процедуру государственного (муниципального) заказа. 1
• Право привлекать заёмные средства в рамках осуществления своей деятельности. 1

Некоторые недостатки автономных учреждений:

• Вероятность понижения объёма государственного (муниципального) задания и, соответственно, величины бюджетного финансирования. 1
• Риск несвоевременного финансирования исполнения задания учредителя, что может привести к невыполнению обязательств перед персоналом и внешними контрагентами. 1
• Необходимость выстраивать взаимодействие с кредитными организациями, поставщиками работ и услуг, переходить на другую систему бухгалтерского учёта, обеспечивать публичность информации о собственной деятельности, подвергаться ежегодному аудиту. 2