Преимущества системы прямых выплат по сравнению с зачётной системой:

• Для работодателей: не нужно тратить собственные деньги и ждать возмещения от ФСС. 4 Также прямые выплаты упрощают жизнь бухгалтерам, которым приходилось заполнять сложные документы и вносить туда исправления. 4
• Для работников: защита от недобросовестных работодателей, которые тянули с выплатами или вообще в них отказывали. 4

Недостатки системы прямых выплат:

• Большой объём дополнительной работы по обработке заявлений и формированию реестров. 2 Количество операций увеличивается в разы, если работодатель не пользуется электронными больничными. 2
• Необходимость хранить заявления, в том числе по уволенным работникам, и предъявлять их по требованию ФСС. 2

Таким образом, выбор между системами зависит от конкретных условий и требований организации.