Некоторые основные проблемы, которые возникают при формировании межмуниципальных кооперативов:

• Отсутствие нормативно-правовой базы для нормального функционирования органов и структур, возникающих в результате межмуниципального взаимодействия. 1
• Неопределённость с организационно-правовыми формами и учредительством межмуниципальных хозяйственных обществ. 2
• Высокий уровень взаимного недоверия среди муниципальных политиков и чиновников, стремление всё решать самостоятельно, нежелание идти на компромиссы. 3
• Отсутствие традиций совместного ведения дел и достаточных знаний о возможностях и порядке реализации форм межмуниципальной хозяйственной кооперации. 3
• Сложности согласования «межмуниципальных» интересов в бюджетной политике. 4
• Недостаточная квалификация муниципальных служащих, недостаточный опыт муниципального управления. 1
• Низкий уровень связи между органами управления и населением, органами управления и внешней средой, ограниченность потоков управленческой информации. 1
• Ограниченность распространения и непонимание большинством населения идей и принципов местного самоуправления. 1