Некоторые функции, которые выполняет Межрегиональное операционное управление Федерального казначейства:

• доводит до главных распорядителей средств федерального бюджета бюджетные ассигнования и (или) лимиты бюджетных обязательств; 15
• осуществляет учёт кассовых операций по исполнению бюджета Союзного государства; 15
• открывает в Центральном банке Российской Федерации и кредитных организациях счета по учёту средств бюджетов бюджетной системы Российской Федерации и средств бюджета Союзного государства; 15
• санкционирует оплату денежных обязательств получателей средств федерального бюджета и администраторов источников финансирования дефицита федерального бюджета; 15
• осуществляет финансовый контроль в соответствии с законодательством Российской Федерации; 15
• ведёт учёт и распределяет таможенные и иные платежи от внешнеэкономической деятельности между бюджетами; 15
• ведёт реестр государственных контрактов и гражданско-правовых договоров; 15
• размещает заказы и заключает государственные контракты, а также иные гражданско-правовые договоры на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для нужд управления; 15
• осуществляет учёт бюджетных обязательств получателей средств федерального бюджета, лицевые счета которых открыты в управлении; 15
• обеспечивает выполнение норм и требований по защите сведений, составляющих государственную тайну и конфиденциальную информацию; 15
• обеспечивает своевременное и полное рассмотрение обращений граждан и направляет заявителям ответы в установленный срок; 15
• обеспечивает мероприятия по мобилизационной подготовке и гражданской обороне управления; 15
• осуществляет работу по комплектованию, хранению, учёту и использованию архивных документов, образовавшихся в ходе деятельности управления; 15
• осуществляет полномочия по управлению имуществом, закреплённым за управлением на праве оперативного управления. 15

Также управление выполняет иные функции, установленные приказами Федерального казначейства. 15