Некоторые функции, которые выполняет межрегиональная инспекция Федеральной налоговой службы:

• Взаимодействие с полномочным представителем Президента РФ в федеральном округе. 2 Инспекция организует взаимодействие ФНС России с ним и органами государственной власти субъектов РФ, входящих в состав округа. 1
• Организация и проведение проверок финансово-хозяйственной деятельности территориальных органов ФНС России и организаций, находящихся в её ведении. 1
• Организация выездных и повторных налоговых проверок, назначаемых ФНС России. 2
• Анализ схем уклонения от налогообложения и разработка предложений по их пресечению и предупреждению. 2
• Учёт на едином налоговом счёте сумм налогов, сборов, страховых взносов и иных обязательных платежей и контроль за их поступлением в бюджеты бюджетной системы РФ. 3
• Выявление налогоплательщиков, сведения о которых свидетельствуют о рисках неисполнения обязанности по уплате обязательных платежей, и доведение соответствующей информации до ФНС России и её территориальных органов. 3
• Мониторинг качества администрирования задолженности по налогам, сборам, страховым взносам, пеням, налоговым санкциям, процентам, выработка рекомендаций по повышению его эффективности и направление их в ФНС России. 3
• Обеспечение защиты сведений, составляющих государственную, налоговую и иную охраняемую законом тайну, персональных данных. 13
• Организация профессиональной подготовки работников межрегиональной инспекции, их переподготовки, повышения квалификации и стажировки. 14