Система возмещения НДС в России работает следующим образом: 1

1. Плательщик подаёт в налоговую инспекцию декларацию с суммой НДС к возмещению. 1 Вместе с декларацией нужно представить документальное подтверждение правомерности применения ставки НДС 0% (если применялась нулевая ставка). 1
2. Налоговая инспекция проводит камеральную проверку декларации. 1 Если в результате проверки не было обнаружено нарушений или они оперативно устранены, то инспекция принимает решение о возмещении НДС — полном или частичном. 1
3. Налогоплательщик получает возврат НДС. 1 Подтверждённая инспекцией сумма НДС признаётся единым налоговым платежом и перечисляется на счёт. 2 Сумму можно будет вернуть, если сальдо на счёте получится положительным. 1 Для этого нужно отправить заявление в Казначейство не позднее следующего дня, когда сумма поступила на счёт. 1 Казначейство должно исполнить обязательство ещё через день, в итоге через три рабочих дня бизнес получит деньги. 1

Право на возврат НДС сохраняется за плательщиком в течение трёх лет после окончания квартала, в котором было превышение суммы налоговых вычетов над суммой уплаченного НДС. 1 Если этот трёхлетний период прошёл, его можно восстановить только через суд, предоставив уважительные причины, оправдывающие пропуск срока. 1

Также существует заявительный порядок возмещения НДС, при котором НДС возмещают до завершения камеральной проверки декларации. 1 Воспользоваться этим правом могут компании и ИП, которые не находятся в стадии реорганизации, ликвидации или банкротства. 1