Возможно, имелся в виду общий порядок расчёта водного налога, а не конкретно за использование акватории для судоходства.

Сумма водного налога рассчитывается по формуле: Налоговая база × Ставка налога (с учётом всех коэффициентов). 34

Налоговая база определяется отдельно по каждому водному объекту и виду водопользования. 4 Для расчёта используются разные единицы измерения в зависимости от способа использования воды: 4

• забор воды — 1 000 куб. м из водоёма; 4
• использование акватории — 1 кв. км занятой водной поверхности. 4

Ставка водного налога установлена статьёй 333.12 Налогового кодекса РФ. 24 Она зависит от вида водопользования, экономического района и конкретного бассейна реки, озера или моря. 4

Коэффициент ежегодно устанавливается Минэкономразвития как дефлятор. 4 В 2025 году базовый коэффициент — 4,65. 4

В отдельных случаях применяются повышающие коэффициенты, которые увеличивают сумму водного налога: 4

• Если предприятие превысило лимит на забор воды, применяется коэффициент 5, но только к объёму превышения. 4
• Если отсутствует прибор учёта, прибавляется коэффициент 1,1. 4
• В случае если компания реализует подземные воды после переработки, ставка умножается на 10. 4

Водный налог уплачивается ежеквартально — не позднее 28-го числа месяца, следующего за отчётным кварталом. 4 Если крайний срок выпадает на выходной или праздник, он переносится на следующий рабочий день. 4