Для расчёта эффективной налоговой ставки с учётом разных налоговых льгот используются следующие методы:

1. Определение суммы потерь бюджета от предоставления налоговых льгот. 1 Для этого используется формула: при уменьшении ставки налога — ПБ = (НБ х СН х НО) - (НБ х СНл х НО), где НБ — налогооблагаемая база, СН — ставка налога, установленная в соответствии с законодательством, СНл — ставка налога, применяемая с учётом предоставления налоговых льгот, НО — норматив зачисления налога в бюджет муниципального образования. 1 При уменьшении налогооблагаемой базы — ПБ = (НБ х СН х НО) - (НБл х СН х НО), где НБ — налогооблагаемая база, НБл — налогооблагаемая база, уменьшенная в результате предоставления налоговой льготы, СН — ставка налога, установленная в соответствии с законодательством, НО — норматив зачисления налога в бюджет муниципального образования. 1
2. Расчёт бюджетной эффективности налоговых льгот. 2 Коэффициент бюджетной эффективности (КБ) рассчитывается как отношение объёма прироста поступлений налогов в бюджет к объёму недополученных в связи с предоставлением налоговых льгот налоговых платежей в отчётном периоде по сравнению с предыдущим периодом. 2
3. Расчёт экономической эффективности налоговых льгот. 12 Коэффициент экономической эффективности (Кээф) рассчитывается как отношение количества показателей финансово-экономической деятельности налогоплательщика, по которым произошёл рост или уровень остался прежним, к количеству показателей, по которым произошло снижение. 12
4. Расчёт социальной эффективности налоговых льгот. 12 Коэффициент социальной эффективности (Ксэф) рассчитывается как отношение количества показателей, по которым произошёл рост или уровень остался прежним, к количеству показателей, по которым произошло снижение. 12
5. Расчёт сводного показателя оценки эффективности налоговых льгот. 1 Он определяется как отношение суммы коэффициентов бюджетной, экономической и социальной эффективности к числу указанных коэффициентов. 1

Также для расчёта эффективной ставки по налогу на прибыль согласно МСФО (IAS) 12 «Налоги на прибыль» средняя эффективная ставка налога на прибыль рассчитывается путём деления расхода или дохода по налогу на прибыль на бухгалтерскую прибыль. 4