Система WebMoney в контексте электронных платежей работает следующим образом:

1. Регистрация. 1 Пользователь получает идентификационный номер (WMID) из 12 цифр. 1 К этому номеру прикрепляются электронные кошельки. 1
2. Перевод денег. 3 Трансфер средств можно осуществить только между кошельками с одинаковым видом валюты. 3 Например, перечислить любую сумму в рублёвом эквиваленте можно только на WMR-кошелёк. 3
3. Безопасность. 13 Для входа в программу нужно ввести WM-идентификатор, пароль, установить специальный секретный ключ, выданный платёжной системой. 1 Все операции, которые совершает пользователь, осуществляются в закодированном варианте. 1 Для каждого сеанса применяются уникальные сеансовые ключи, что обеспечивает конфиденциальность совершения сделок. 1
4. Защита от мошенничества. 3 Дополнительно защищают от мошенничества услуги «Протекция по коду», «Протекция по времени», «Сервис Escrow». 3 При их применении транзакция не будет осуществлена до ввода секретного кода. 3 Ограничено время его набора и количество неправильных попыток. 3

При помощи WebMoney можно, например, перечислять оплату за коммунальные услуги, расплачиваться в интернет-магазинах, приобретать программное обеспечение, переводить деньги на банковские карточки, пополнять счёт мобильного телефона, оплачивать услуги интернета, кабельное телевидение. 3