Система возмещения НДС при заявительном порядке работает следующим образом: 3

1. Подготовка и направление в налоговую декларацию по НДС с суммой к возмещению. 5 Декларацию сдают четыре раза в год по итогам каждого квартала, срок сдачи — не позднее 25-го числа месяца, который следует за отчётным кварталом. 1
2. Направление заявления о применении заявительного порядка. 25 Заявление подают в течение пяти дней со дня отправки декларации в налоговую. 15 В заявлении нужно указать реквизиты счёта в банке для возврата средств. 2
3. Проверка налоговой службой документов. 1 После получения заявления инспекторы в течение пяти дней проверят соблюдение компанией требований, а также наличие у организации недоимки по налогам, задолженности по пеням и (или) штрафам. 2
4. Принятие решения налоговой службой. 1 Если все требования соблюдены, а недоимка и задолженность отсутствуют, инспекция принимает решение о возмещении налога. 2 Если же нет, то принимается решение об отказе в возмещении суммы налога, заявленной к возмещению. 2
5. Перечисление денег. 1 Если решение будет положительным и сумму возврата посчитают обоснованной, в течение ещё пяти дней деньги перечислят на счёт или зачтут в счёт задолженности по налогам, если она есть. 1

Заявительный возврат НДС не отменяет камеральной проверки. 1 Проверку всё равно проведут, а по окончании либо подтвердят сумму возмещения полностью, либо частично, либо признают необоснованно возмещённой. 1 Если после проверки ФНС откажет в возмещении НДС, налогоплательщик должен вернуть полученные деньги. 3 Также придётся заплатить пени и проценты в размере двукратной ключевой ставки ЦБ за использование бюджетных денег. 3