Система уплаты налогов через Единый налоговый счёт (ЕНС) работает следующим образом: 2

1. Налогоплательщик вносит средства на ЕНС с помощью единого налогового платежа (ЕНП). 2 Им можно «покрыть» различные налоги: НДС, налог на прибыль, страховые взносы, единый сельскохозяйственный налог (ЕСХН), налог на доходы физических лиц (НДФЛ), акцизы, имущественные налоги. 2
2. После того как на ЕНС поступила определённая сумма, она распределяется: 2

• в первую очередь средства идут в счёт погашения задолженностей (недоимки) с более ранних сроков уплаты; 2
• далее закрываются начисления с текущим сроком уплаты; 2
• последними из суммы на счету вычитаются пени, проценты и штрафы. 2

Например, налогоплательщик внес единым налоговым платежом 500 тыс. рублей. 2 Сначала вычитаются 300 тыс. рублей, которые «закрывают» недоимку — налог на имущество организаций, транспортный и земельный налоги с более ранним сроком уплаты. 2 Далее закрываются начисления с текущим сроком оплаты, например налог на прибыль в размере 150 тыс. рублей. 2 В последнюю очередь из внесённой суммы вычитают пени в размере, например, 200 рублей. 2 На счету остаётся 49,2 тыс. рублей — остаток средств на счёте формирует положительное сальдо. 2

Проверить, сколько осталось денег на едином налоговом счёте, и увидеть сальдо можно в личном кабинете налогоплательщика. 1