Система расчёта НДС при поставках товаров и услуг с учётом разных ставок работает следующим образом:

1. Если на момент получения аванса определены ассортимент, количество и цена товара, подлежащего поставке, то нужно определить доли товаров, облагаемых по разным ставкам (20% и 10%). 3 Сумму поступившей предоплаты разделить на две части пропорционально таким долям. 3 К части аванса по товарам, облагаемым по ставке 20%, применить расчётную ставку 20/120, к другой части — расчётную ставку 10/110. 3 В «авансовом» счёте-фактуре товары, облагаемые по разным ставкам, следует выделить в отдельные позиции с указанием соответствующих расчётных ставок налога. 3
2. Если нельзя определить, в счёт каких товаров получен аванс, НДС с предоплаты исчисляется по единой расчётной ставке НДС 20/120. 3 При этом в «авансовом» счёте-фактуре следует указать обобщённое наименование товаров с указанием расчётной ставки 20/120. 3

Также если деятельность компании предусматривает реализацию товаров, облагаемых по разным ставкам НДС, то налоговая база рассчитывается по каждой категории товара отдельно. 5