Система налогового мониторинга крупнейших налогоплательщиков в России работает следующим образом: 1

1. Организация подаёт заявление о проведении налогового мониторинга в налоговый орган по месту своего нахождения не позднее 1 сентября года, предшествующего году вступления в мониторинг. 1
2. До 1 ноября налоговый орган по месту нахождения организации принимает решение о проведении или об отказе в проведении мониторинга. 1
3. До 1 января следующего налогового периода Управление ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам осуществляет постановку на учёт в соответствующие Межрегиональные (Межрайонные) инспекции по крупнейшим налогоплательщикам. 1

Суть режима в том, что инспекторы в режиме онлайн получают удалённый доступ к информационным системам организации, чтобы просматривать бухгалтерскую и налоговую отчётность. 4 Налоговики проверяют не все документы подряд, а только нестандартные и рискованные операции. 2

Взамен организация получает освобождение от камеральных и выездных проверок за этот период. 2 Есть исключения: проверки всё-таки будут, если компания возмещает НДС или акцизы, уменьшает сумму налога или увеличивает убыток, досрочно прекращает мониторинг и прочее. 2

Если при проведении мониторинга налоговики найдут противоречия или расхождения в документах, они запрашивают пояснения. 2 Срок представления пояснений или необходимой информации — 10 рабочих дней со дня получения требования. 2 Если организация не предоставила пояснения, налоговики составляют мотивированное мнение — это официальная позиция ФНС по конкретному вопросу расчёта налогов. 2

Получив мотивированное мнение, компании предстоит решить, соглашаться с ним или нет. 2 Если организация согласна с мнением инспекции, она уведомляет налоговый орган и вносит изменения в учётную программу. 2 Если не согласна — вправе оспорить мнение и представить разногласия. 2 Для этого назначается взаимосогласительная процедура: лучшие специалисты инспекции рассматривают аргументы каждой стороны и решают, кто прав. 2