Система межрегиональных налоговых инспекций работает следующим образом:

Межрегиональная инспекция ФНС России, работающая с крупнейшими налогоплательщиками. 1 Она контролирует соблюдение законодательства о налогах и сборах крупнейшими налогоплательщиками, проверяет правильность исчисления, полноты и своевременности уплаты налогов и сборов. 1 Инспекция ставит на учёт крупнейших налогоплательщиков, ведёт учёт по каждому налогоплательщику и виду платежа, включая суммы налогов, сборов, пеней и санкций. 1 Также она мониторит начисления и прогнозирует поступления налоговых платежей, анализирует данные о деятельности налогоплательщиков, выявляет и предупреждает схемы уклонения от налогообложения. 1

Межрегиональная инспекция ФНС России по централизованной обработке данных. 15 Её основная задача — автоматизация процессов контроля и надзора за соблюдением законодательства о налогах и сборах. 1 Инспекция ведёт федеральные информационные ресурсы, обеспечивает информационную поддержку деятельности ФНС России, обменивается информацией в электронном виде с государственными органами на основании межведомственных соглашений, предоставляет информацию органам государственной власти, местного самоуправления и налогоплательщикам. 1

Межрегиональная инспекция ФНС России по федеральному округу. 15 Инспекции этого типа выполняют как общие функции, так и специализированные задачи в федеральных округах. 1 Среди ключевых полномочий — взаимодействие с полномочным представителем Президента РФ в федеральном округе, проведение проверок эффективности работы управлений ФНС России по субъектам РФ, включая проверку правильности исчисления, полноты и своевременности уплаты налогов. 1