Система казначейских счетов в современной экономике работает следующим образом:

1. Государственный заказчик заключает госконтракт с исполнителем — ИП или юридическим лицом. 3 Если контракт подпадает под критерии казначейского сопровождения, то выигравший тендер исполнитель открывает единый казначейский счёт. 3
2. Для каждого участника госконтракта открывается один казначейский счёт (поэтому он называется единым), а уже к этому счёту открываются разделы для разных контрактов, договоров и других документов-оснований. 3
3. В личном кабинете «Электронного бюджета» заказчик готовит платёжное поручение. 2 Центр специализации Федерального казначейства проверяет, санкционирована ли эта оплата. 2 Он изучает документы и остаток средств на лицевом счёте заказчика. 2
4. Если проверка прошла успешно, платёжный центр Федерального казначейства передаёт документы в банк, а тот, в свою очередь, проводит платёж. 2

Основное правило при использовании казначейского счёта: деньги можно использовать только на те цели и задачи, которые указаны в государственном контракте. 1 Любые финансовые операции, обслуживание поступлений, переводов, платежей осуществляются с разрешения казначейства и по согласованной схеме расходов. 1

Обычно казначейство закрывает счёт самостоятельно после того, как заказчик уведомит о том, что контракт исполнен. 2 Исполнитель контракта тоже может инициировать закрытие счёта, подав заявление в казначейство. 2 Ещё казначейство может закрыть счёт, если компания прекратила свою деятельность. 2