Система казначейских платежей работает следующим образом: 3

1. Оператор системы — Федеральное казначейство. 23 Оно обеспечивает функционирование системы, приём и исполнение распоряжений о перечислении, осуществление операций по казначейским счетам, взаимодействие участников системы через свои территориальные органы. 2
2. Участники системы делятся на прямые и косвенные. 3 К прямым относятся Федеральное казначейство, финансовые органы субъектов РФ, органы управления государственными внебюджетными фондами, администраторы доходов бюджетов, федеральные бюджетные и автономные учреждения и юридические лица, не являющиеся участниками бюджетного процесса, лицевые счета которых открыты в Федеральном казначействе. 3 К косвенным — получатели средств бюджета субъектов РФ, бюджетные и автономные учреждения субъекта РФ и юридические лица, не являющиеся участниками бюджетного процесса, лицевые счета которых открыты в финансовом органе субъектов РФ. 3
3. Для совершения платежа необходимо распоряжение о перечислении средств, составленное либо на бумажном носителе, либо в электронном виде от прямых или косвенных участников системы. 3 Форма распоряжения для прямого участника устанавливается Федеральным казначейством, а для косвенного — прямым участником. 3
4. Расчёты между участниками системы казначейских платежей проводятся без движения средств по банковским счетам, затрагивая только казначейские счета, что значительно ускоряет бюджетные платежи и оборачиваемость денежных средств за счёт прямых расчётов. 5