Система автоматической проверки налоговых деклараций, например АСК НДС-2, работает следующим образом: 2

1. Налогоплательщик сдаёт декларацию по НДС. 2 Система проводит расчёт контрольных соотношений как внутри декларации, так и с другими формами. 2 Если контрольные соотношения не пройдены, следует отказ в принятии декларации. 2
2. После принятия деклараций в федеральном центре обработки данных запускается техпроцесс по проверке. 2 Система без участия инспектора анализирует данные по каждой операции по цепочке движения товара и выявляет налоговые «разрывы» в операциях, по которым вычет есть, а НДС не уплачен. 2
3. АСК НДС-2 сопоставляет данные всех представленных деклараций по НДС с декларациями контрагентов. 2 Система проверяет показатели счетов-фактур, заполнены ли книги покупок и продаж, журналы полученных и выставленных счетов-фактур. 2
4. Если в ходе проверки в декларации будут обнаружены ошибки или расхождения, налоговая инспекция направит организации требование о представлении пояснений. 3
5. Плательщик должен подтвердить получение требования и проверить декларацию на предмет ошибок. 4 После этого руководитель компании направляет в ИФНС ответ. 4

Если были выявлены нарушения, которые привели к занижению налога, необходимо направить также уточнённую декларацию, заплатить недоимку с пенями и штрафами. 4