Порядок налогообложения компании при наличии региональных филиалов меняется следующим образом:

• НДС. 1 Филиал не уплачивает НДС самостоятельно, все расчёты по налогу производит головная организация. 1 Она же сдает декларацию по НДС. 1
• Налог на прибыль. 14 Часть, идущую в федеральный бюджет, уплачивает головная организация. 1 Региональную часть налога нужно распределить между головной компанией и её филиалами пропорционально долям прибыли. 1 Отправить налог следует отдельно по месту расположения головной организации и отдельно по месту нахождения каждого филиала. 1 Если на территории одного субъекта РФ находится несколько филиалов, можно выбрать один и через него перечислять налог. 1 Об этом решении следует известить ИФНС. 1
• Налог на имущество. 1 Организация с филиалами на отдельном балансе уплачивает авансы и налог по местонахождению филиала. 1 Декларацию по налогу на имущество по филиалу сдают, если место расположения филиала совпадает с местом расположения налогооблагаемой недвижимости организации. 1
• НДФЛ. 1 С дохода работников филиала, у которых в договоре прописано условие о работе в подразделении, НДФЛ уплачивают по месту расположения филиала. 1 6-НДФЛ по доходам работников головной организации сдаётся по месту учёта организации, а по доходам работников филиала — по месту нахождения филиала. 1
• Страховые взносы. 1 Если филиал выделен на отдельный баланс и имеет свой расчётный счёт, то расчёт по взносам, начисленным работникам подразделения, сдает филиал. 1 В остальных случаях отчётность по страховым взносам за обособленное подразделение сдает головная организация. 4

Для получения более подробной консультации по конкретному случаю рекомендуется обратиться к налоговому специалисту.