Чтобы избежать автоматического распределения НДФЛ при перечислении через 1С, рекомендуется:

• Использовать заложенные в программу документы. 1 Ручные операции следует применять только при необходимости. 1
• Не исправлять ошибки задним числом, особенно после закрытия месяца. 1
• Соблюдать последовательность дат при начислении доходов работникам и их выплате. 1
• Сверять даты выплаты на соответствие во всех документах. 1 Документ начисления не нужно оформлять позднее ведомости на выплату. 1
• Если доход выплачивался за несколько месяцев сразу, то операцию по НДФЛ на каждый месяц начисления дохода лучше сделать отдельно за каждый месяц начисления. 3

Если самостоятельно решить проблему не удаётся, следует обратиться за консультацией в службу поддержки пользователей 1С или в фирму, где приобретался программный продукт. 1