ФНС контролирует уплату таможенных пошлин и акцизов через взаимодействие с Федеральной таможенной службой (ФТС). 14 Это основано на Соглашении о сотрудничестве от 21 января 2010 года. 24

Некоторые способы взаимодействия:

• Плановый обмен информацией в электронном виде на федеральном уровне через Центральное информационно-техническое таможенное управление ФТС, Федеральное казённое учреждение «Налог-Сервис» Федеральной налоговой службы и Управление кадров ФНС России. 3 Плановая информация доводится до региональных органов по ведомственной принадлежности. 3
• Оперативный обмен (инициативный и по запросам) на всех трёх уровнях взаимодействия: федеральном, региональном и местном. 1
• Использование системы межведомственного электронного взаимодействия (СМЭВ). 2 Она позволяет ФТС не запрашивать у декларантов разрешительные документы, выданные ФНС, поскольку вся значимая для таможенных органов информация может быть получена напрямую из баз данных ФНС. 2
• Применение программного комплекса автоматизированного контроля за налогом на добавленную стоимость (ПК АСК НДС). 2 Система проверяет 100% вычетов по таможенному НДС. 2

Кроме того, таможенные органы предоставляют по запросу налоговых органов информацию, необходимую для проведения налогового контроля, например результаты проверок правильности заявленной таможенной стоимости товаров, декларации на товары и другие документы. 4