Бюджетный федерализм влияет на отношения между федеральным центром и регионами следующим образом:

• Устанавливает взаимосвязь и взаимозависимость. 1 Совместные бюджетные и налоговые полномочия Федерации и её субъектов, с одной стороны, взаимно ограничивают полномочия центра и регионов, а с другой — предопределяют единство бюджетной и налоговой систем. 1
• Обеспечивает единство доходных источников. 3 Это позволяет заинтересовывать региональные органы власти в полной мобилизации не только собственных, но и регулирующих доходов и ответственности за это. 3
• Сохраняет за федеральным бюджетом доминирующее положение. 2 При этом он выполняет функции централизации, распределения и перераспределения бюджетных средств между уровнями государственной власти. 1
• Предполагает партнёрские отношения. 3 Федеральный центр и субъекты федерации взаимодействуют по межбюджетным взаимоотношениям. 3

Однако у бюджетного федерализма есть и недостатки: он может приводить к иждивенческим настроениям у отдельных территорий, которые получают больше средств в виде регулирующих доходов, не прилагая усилий к развитию экономики и расширению собственной налоговой базы на своих территориях. 3