Некоторые модели «Рутокенов» отличаются друг от друга по следующим параметрам:

• Встроенный криптографический модуль. 1 Например, «Рутокен Lite» не содержит встроенного СКЗИ, поэтому для использования требуется установка специализированного программного обеспечения на компьютер. 12 «Рутокен ЭЦП 3.0» и «Рутокен ЭЦП 3.0 Type-C» имеют встроенный СКЗИ и могут работать без дополнительных программ. 5
• Работа с ЕГАИС. 12 «Рутокен ЭЦП 3.0» и «Рутокен ЭЦП 3.0 Type-C» совместимы с этой системой, а «Рутокен Lite» — нет. 12
• Защита ПИН-кодом. 1 «Рутокен Lite» защищает доступ к данным ПИН-кодом, при 10-кратном неправильном вводе ПИН происходит блокировка устройства. 1 «Рутокен ЭЦП 3.0» и «Рутокен ЭЦП 3.0 Type-C» также используют двухфакторную аутентификацию с ПИН-кодом. 12
• Дополнительные функции. 1 «Рутокен OTP» используется для генерации одноразовых паролей, обеспечивая дополнительную защиту при входе в системы. 1
• Интерфейс. 2 «Рутокен ЭЦП 3.0» обладает повышенной производительностью криптографических и файловых операций, часть моделей линейки, помимо традиционного контактного интерфейса, оснащена бесконтактным интерфейсом (NFC). 2