Полномочия межрайонной инспекции ФНС и Федеральной налоговой службы (ФНС) имеют некоторые отличия.

Полномочия межрайонной инспекции включают контроль и надзор за соблюдением налогового законодательства, правильностью исчисления, полнотой и своевременностью уплаты налогов, сборов и страховых взносов, а также иных обязательных платежей. 13 Ещё в её полномочия входит контроль за производством и оборотом табака, соблюдением требований к контрольно-кассовой технике, полнотой учёта выручки и использованием банковских счетов платёжными агентами и поставщиками. 13 Также межрайонная инспекция осуществляет государственную регистрацию организаций и индивидуальных предпринимателей, а также крестьянских хозяйств. 13

Полномочия ФНС включают также контроль и надзор за производством и оборотом табачной продукции, применением контрольно-кассовой техники, а также функции органа валютного контроля в пределах компетенции налоговых органов 2410. Ещё ФНС занимается регистрацией юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, аккредитацией подразделений иностранных юридических лиц, представляет Российскую Федерацию в делах о банкротстве по требованиям из денежных обязательств. 10

Таким образом, основное отличие в том, что полномочия межрайонной инспекции фокусируются на определённых направлениях деятельности в рамках контроля и надзора, а полномочия ФНС включают и другие функции, например, регистрацию юридических лиц и представление интересов государства в делах о банкротстве.