Чем отличаются федеральные казенные предприятия от муниципальных?

Возможно, имелись в виду различия между федеральными и муниципальными казёнными учреждениями, а не предприятиями.

Федеральные и муниципальные казённые учреждения — это разные виды некоммерческих юридических лиц, которые создают органы власти различных уровней для выполнения государственных (муниципальных) услуг и функций в определённой сфере. ppt.ru

Некоторые отличия:

• Уровень учредителя: федеральные — от государства (РФ), муниципальные — от муниципалитета. ppt.ru
• Сфера деятельности: федеральные учреждения закрепляют нормы развития населения на федеральном уровне, им подчиняется вся страна. vk.com Муниципальные учреждения решают общественные задачи на уровне города, села или посёлка. vk.com
• Финансирование: федеральные учреждения могут финансироваться как из федерального, так и из регионального бюджета. vk.com Муниципальные учреждения — за счёт финансовых средств муниципального образования. vk.com
• Коммерческая деятельность: федеральные учреждения могут заниматься приносящей доход деятельностью, но все полученные доходы должны перечисляться в бюджет РФ. www.finkont.ru Муниципальные учреждения могут вести коммерческую деятельность, но распоряжаются доходами самостоятельно. ppt.ru
• Имущество: федеральные учреждения закрепляют имущество на праве оперативного управления, распоряжаться им запрещено без согласия собственника. ppt.ru Муниципальные учреждения могут самостоятельно распоряжаться закреплённым имуществом, за исключением недвижимости и движимого имущества, включённого в перечень особо ценного. ppt.ru
• Заключение сделок: федеральные учреждения заключают сделки от имени РФ, муниципальные — от имени муниципалитета. ppt.ru
• Ответственность: федеральные учреждения отвечают по обязательствам имеющимися денежными средствами, при их недостаточности учредитель отвечает по обязательствам учреждения в субсидиарном порядке. ppt.ru Муниципальные учреждения самостоятельно отвечают по обязательствам имеющимся имуществом и денежными средствами. ppt.ru