Банкноты номиналом 5000 рублей разных лет выпуска отличаются некоторыми элементами дизайна и защиты. 16

Банкнота образца 1997 года имеет, например:

• водяные знаки на узком и широком купонном поле; 1
• металлизированную нить шириной 3 мм, покрытую голограммой; 1
• защитную нить в форме тёмной полосы, на которой светлым цветом повторяется цифра 5000; 1
• микроскопический узор в форме геометрических фигур; 1
• дальний берег реки Амур по центру аверса, состоящий из аббревиатур «РР» и «ЦБРФ», силуэтов рыб, животных, растений; 1
• усиленный рельеф, который позволяет идентифицировать номинал тактильно слабовидящим людям; 1
• поляризованное покрытие эмблемы Банка России. 1 Если смотреть на неё под разными углами, то в центре она изменит цвет со светло-коричневого на тёмно-синий. 1

Банкнота модификации 2010 года отличается, например:

• серыми и двухцветными защитными волокнами, впечатанными в бумагу; 1
• широкой защитной нитью, которая выходит на поверхность в «витражном окне»; 1
• комбинированным водяным знаком на правом купонном поле; 6
• гербом Хабаровска, изображённым оптически переменной краской; 1
• на лицевой стороне банкноты на краях купонных полей присутствуют тонкие рельефные штрихи; 6
• высотой цифр левого серийного номера, которая плавно увеличивается слева направо; 6
• у некоторых элементов защиты есть магнитные свойства. 1

Также на обновлённой банкноте номиналом 5000 рублей, выпущенной в 2023 году, с лицевой стороны изображена стела «Европа — Азия», а на оборотной — памятник «Сказ об Урале» в Челябинске. 29