Автономные учреждения отличаются от бюджетных большей степенью экономической свободы. 8 Они вправе привлекать заёмные средства, открывать счета в кредитных организациях, самостоятельно распоряжаться отдельными видами имущества, что невозможно в отношении бюджетных учреждений. 8

Некоторые другие отличия:

• Цели деятельности. 3 Автономные учреждения создаются для выполнения работ и оказания услуг в сферах науки, образования, здравоохранения, культуры, социальной защиты, занятости населения, физической культуры и спорта, а также в иных сферах в случаях, установленных федеральными законами. 46 Бюджетные учреждения осуществляют свою деятельность в соответствии с предметом и целями, определёнными федеральными законами, иными нормативными правовыми актами, муниципальными правовыми актами и уставом. 7
• Закупочная деятельность. 4 Бюджетные учреждения — это основной вид заказчиков, которые обязаны руководствоваться в своей закупочной деятельности нормами ФЗ №44. 4 Автономные учреждения в своей закупочной деятельности руководствуются в основном положениями ФЗ №223 и осуществляют закупки согласно положениям ФЗ №44 в случаях, определённых статьёй 15 названного закона. 4