Учёт затрат по КФО 4 и КФО 2 в бюджетной организации отличается источником финансирования расходов:

• КФО 2 — приносящая доход деятельность, собственные доходы учреждения. 1 По этому коду отражают активы, приобретённые за счёт предпринимательской деятельности. 2
• КФО 4 — субсидии на выполнение государственного (муниципального) задания. 1 По этому коду учитывают активы, приобретённые за счёт выделенных субсидий и предназначенные для использования в целях выполнения государственного задания. 2

Таким образом, основное отличие заключается в источнике финансирования: по КФО 2 — за счёт предпринимательской деятельности, по КФО 4 — за счёт субсидий.